反滲透水處理設備的故障現象主要有三類：透水量減少、鹽透過率增大(脫鹽率下降)以及壓降增大，但造成這些故障的原因很多，應盡量從這些故障現象中找出問題的實質，從而盡快實施檢修和維持等對策。反滲透系統運行常見故障分析及解決方案主要如下：
　　1、在初始設計時選擇高壓泵的揚程偏低，在溫度或進水水質發生變化時引起產水量達不到設計要求；
　　2、膜元件被氧化引起水通量增加及產水水質下降；
　　3、鹽水密封圈倒置引起實際回收率過高而產生結垢及水質下降現象；
　　4、鹽水密封圈破損引起實際回收率過高而產生結垢即水質下降現象；
　　5、O型圈破損引起產水水質下降；
　　6、新舊膜元件、不同類型的膜元件的混合使用引起系統性能下降；
　　7、壓力容器濃水止推環與濃水出口重疊或部分重疊引起回收率過高而產生結垢現象；
　　8、壓力容器長度偏大引起濃水泄漏到產水側使產水水質下降；
　　9、無段間壓力表無法可靠地分析與判斷反滲透運行情況；
　　10、較大的壓差使膜元件產生望遠鏡效應而損壞；
　　11、產水背壓的提高引起產水量的下降；
　　12、反滲透排列不合理引起局部膜元件水通量增加，污染速度加快；
　　13、反滲透回收率設計不合理，膜元件數量偏小；
　　14、顆粒性污染使膜元件產生較為嚴重的機械污堵，一段壓差偏大，產水量及水質變差；
　　15、系統停運引起污染物沉積及細菌、微生物污染；
　　16、鑄鐵底座高壓泵串聯在化學清洗系統管路中；